欢迎进入我们的网站!今天是2024年05月29日 星期三
scTPA:单细胞转录组生物学通路活性打分和注释的新工具

发布时间:2020-05-31 12:35:25 浏览量:3086

温医大眼视光医院/生物医学工程学院苏建忠教授团队和浙江工业大学信息工程学院张贵军教授团队合作,开发对单细胞进行转录组功能解析的在线工具scTPA,提供单细胞转录组数据预处理,功能打分,聚类和可视化显著激活通路的一键式分析。该工作以《 scTPA: A web tool for single-cell transcriptome analysis of pathway activation signatures》为题发表在Bioinformatics上。研究所助理研究员张岩(现为哈佛医学院博士后)、硕士研究生张雅茹和浙江工业大学助理研究员胡俊为共同第一作者。

image.png微信图片_20200531123842.png

单细胞转录组测序技术可以从单个细胞的水平分析细胞间的异质性,在传统分析流程中对细胞分群进行功能性解释一直是单细胞转录组解析的一大挑战。通路活性分析能从生物学的视角对细胞异质性或疾病特异性进行功能解析。本研究开发的scTPA提供了一个从预处理到激活通路注释的在线分析工具。

微信图片_20200531123753.png

在对细胞进行功能解析时,用户可选择上传预先定义的细胞类型,那么scTPA就会根据用户定义的细胞类型进行功能注释。否则,将会根据通路活性得分对细胞进行聚类。除了内置常用的canonical pathways和extended pathways,scTPA还允许用户上传自定义pathway。在Advanced settings中,用户可以选择更多的处理分析方法和相应的参数。

微信图片_20200531123929.png

作为单细胞转录组功能分析的在线工具,scTPA提供方便可用的分析界面和交互性良好的结果展示,从生物学通路的角度为研究细胞异质性提供一个直观的分析方式。


论文检索:Yan Zhang#, Yaru Zhang#, Jun Hu#, Ji Zhang, Fangjie Guo, Meng Zhou, Guijun Zhang*, Fulong Yu*, Jianzhong Su* scTPA: A web tool for single-cell transcrip-tome analysis of pathway activation signatures. Bioinformatics. 2020.


全文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28541377/


Copyright 2020 © 版权所有 温州医科大学生物医学大数据研究所 技术支持:联科科技