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徐良德团队创新性开发RNA二级结构比较及变构效应评估工具-RNAsmc

发布时间:2023-01-01 18:24:26 浏览量:627

RNA二级结构(RNA secondary structure)是基因调控的关键调节因子,通过影响RNA稳定性实现其重要生物学功能。徐良德团队创新性开发RNA二级结构比较及变构效应评估工具,为探索未明确功能的RNA提供可靠研究手段。相关成果在中科院2区杂志Computational and Biotechnology Journal上正式发表题为RNAsmc: A integrated tool for comparing RNA secondary structure and evaluating allosteric effects的研究论文,影响因子6.836。王宏副教授、博士研究生陆小艳和科研助理郑贺威为并列第一作者,徐良德研究员和瞿佳教授为通讯作者。

RNA二级结构(RSS)基序是研究结构生物学机制的基本组成部分。本研究提出了一种基于结构基序的动态比对策略 - RNAsmc,以识别结构基序并定量评估其潜在的分子功能。RNAsmc通过整合化学探测对序列长度、折叠策略和RNA结构谱具有很强的鲁棒性。并且RNAsmc也适用于量化特殊RNA编辑事件(SNV或SNP,片段插入或缺失等)中的结构变异。RNAsmc不但可以揭示RNA二级结构的异质性,而且对成分间的相似性进行评分,这为聚类RNA家族和评估变构效应提供强大的支撑。本研究发现RNAsmc对实验衍生的核糖突变同样表现出显着的检测效率。

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本研究的动态基序比对策略为RNA家族的分类和破译未知功能提供了一个有效的定量指标。通过关注基序特征来揭示RNA结构的异质性,为变构效应的评估提供了见解。并且这种计算策略可能可以作为一种实用的工具来识别RNA转录本中单核苷酸突变中的核糖体突变。本研究将研究策略整合为一个R包,用作探索、对齐和聚类RSS -的自动化工具包。它可以在 https://CRAN.R-project.org/package=RNAsmc 免费下载。

论文索引:Wang H#, Lu X#, Zheng H#, Wang W, Zhang G, Wang S, Lin P, Zhuang Y, Chen C, Chen Q, Qu J*, Xu L*. RNAsmc: A integrated tool for comparing RNA secondary structure and evaluating allosteric effects. Comput Struct Biotechnol J. 2023; 21: 965-973. 

原文链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9876829/


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